Hola Alex:
La fuente más común de malware y errores de navegación (popups y demás) se originan en extensiones o aplicaciones que prometen miles de maravillas y no son más que extensiones que intervienen en ciertas páginas y ponen publicidad.
Te sugiero que sigas lo que se indica en
esta respuesta del foro y te asegures que puedes resolverlo. Si sigues con el mismo problema tras haber intentado las soluciones propuesta, inicia otra pregunta y veremos cómo ayudarte.
Saludos