Por lo que entiendo, es probable que se estén mezclando los marcadores al momento de iniciar sesión.
Lo que tienes que hacer para poder controlar dos (o más) grupos de marcadores es crear dos (o más) "personas" dentro de Chrome y en cada una asociar las cuentas de correo que usarás.
Para crear las personas en Chrome, te dejo
este link.
Con esto eliminarás el problemas de duplicidad y que se sumen los marcadores de otras cuentas.
Un saludo.
Alvaro.