Hola Sayuri,
Te informo que la mayoría de veces que ves este mensaje se debe a como esta configurada la web que estas visitando.
Efectivamente existen algunas extensiones de terceros que eviten ese mensaje, pero esto sería ajeno a Google.
Y referente a los problemas de malware que tuviste, te dejo unos consejos para asegurarte que lo limpiaste correctamente:
Coméntanos si te sirvió, por favor.