Buen dia.
Bienvenido al foro de ayuda de Google Chrome.
Lo que comenta es externo a Chrome. Es un "problema" de Windows que incluyeron un cambio en las ultimas actualizaciones que hace que al iniciar Windows se abran las aplicaciones que no se cerraron al apagar/reiniciar el PC.
Para que Chrome(u otra aplicacion) no se abra sola debe cerrarlas antes de apagar el PC.
Saludos.