Hola
Xavier, bienvenido al foro de ayuda de Chrome :D
Efectivamente ya no está la opción de abrir los accesos directos en ventana y que funcionen de manera independiente. Como una solución temporal, crea nuevamente los accesos directos, luego dirígete a chrome://apps/ y veras todos los accesos directos creados y algunas aplicaciones instaladas en Chrome si las tienes. Cuando veas un acceso directo creado por ti, haz clic derecho y selecciona "Abrir como ventana".
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Espero que te sea de ayuda. Si tienes más dudas, con gusto las puedo resolver.
¡Saludos!