Hola y bienvenido al Foro de Ayuda de Google Chrome.
Para que se sincronicen los marcadores o favoritos debes iniciar sesión en el navegador. Ve a Configuración > Iniciar sesión y ahí vinculas tu cuenta de Google. De esa forma ya se sincronizarían los marcadores. Si aún no se sincronizan comprueba que en Configuración avanzada de sincronización en la sección "Iniciar sesión", tienes habilitada da sincronización de marcadores. Si a pesar de esto continuase sin sincronizarte los marcadores (reinicia el programa por si acaso) podría deberse a que no tenías la sesión iniciada en Google Chrome y por eso no se guardaron.
Espero haberte ayudado :)
Un saludo.