Vaya, perdón por no haberte respondido antes, he estado algo liado estos días :/
Cuando desactivas la aceleración por hardware lo que haces es que no se use la GPU para acelerar ciertas tareas. Esto puede acelerar ligeramente el tiempo que carga Chrome en renderizar/"pintar" las páginas web, pero a veces se debe desactivar por problemas ya que aunque Chrome piensa que puede usar la GPU, en realidad no puede y resulta en problemas como estos.
Todas las funcionalidades de Chrome van a seguir comportándose igual, al desactivar esta opción solo indicas a Chrome cómo renderizar/"pintar" el contenido de las páginas web.
Saludos :-)