¡Hola
Oscar!
Siento decirte que entonces no hay manera de aplicar la política para inhabilitar la ventana de incógnito :-/
Desde hace bastante tiempo Chrome cambió de detectar las políticas configuradas en el registro a detectar las políticas configuradas en las directivas de grupo local, que ahora mismo es la única manera de configurar políticas.
¿Actualizaste Windows a Windows 8.1 y perdiste el acceso a gpedit.msc? Si ese es el caso, es bastante extraño... En caso de que no sea Windows 8.1 Pro o Enterprise, es normal que no puedas abrir gpedit.msc :-P
¿Fue útil la información que he compartido? Espero tu respuesta ;-)
Saludos :-)