Es algo extraño en Chrome, lo mismo me paso a mi, yo uso un congelador para la pc, en la cual dego libre las rutas de los marcadares de google, C:\Users\Tu nombre de usuario\AppData\Local\Google\Chrome\User Data\Default\Bookmarks y Bookmarks.bak.
No se para que hay back up, si tambien se va a borrar, detalle de google. bien a mi no se me apaga la pc, no porq es portatil, se va energia electrica, lomantengo con la bateria y luego lo apago, anoche trabajaba normal, luego apago la pc, y al dia sgte me doy con la sorpresa que me dice el estupido navegador, que agregue marcadares o que los importe. Wau, me pase guardando muchos trabajos y paginas de aplicaciones interesantes, y todos para q se vaya a la m.. bien esto no me ha pasado solo una vez, esta es la tercera vez, q me pasa o cuarta, pero creo q esto sucedeio desde q actualice el chrome, bueno supongo q sera eso, ahora ya no dejo descongelada el archivo bookmark.bak, lo congelo con los marcadores usuales y alli lo dejo, si pasa algo, copio el archivo y le quito la palabra ".bak" y reemplazo al otro. vaya juego de Google, a ver si encuentran una solucion o algo.