No es un tema de configuración, con clic izquierdo en la X, tiene que salir directamente. Evidentemente algo anda mal.
En general, el clic derecho despliega menúes contextuales. Ahora, en mí caso, con XP, el clic derecho no funciona sobre la X: ni cierra ni despliega menú.
Te pido hacer esta prueba: cuando pasás el mouse encima de esos botones (están juntos el de minimizar, restaurar y cerrar), se iluminan. Asegurate que se ilumine la X (el botón se pone rojo) y hacé clic izquierdo. Si no se ilumina, mové el mouse a la misma altura pero más a la izquiera o más a la derecha, a ver si se ilumina el botón aunque no estés encima de él. A veces pasa en algunas aplicaciones, que interpretan mal las coordenadas del mouse. No me pasó en Chrome.