En tu pregunta, ¿quieres saber si puedes exportar/importar tus marcadores de un navegador a otro? Por ejemplo: Google Chrome te da la facilidad de importar tus marcadores de Internet Explorer a Google Chrome. 

espero haber entendido mejor tu pregunta. Lo que te puedo sugerir, es que exportes los marcadores de la máquina 1 a la máquina 2 para que así ambas máquinas tengan los mismo marcadores, pero al estar sincronizadas no va a ser posible que la maquina 2 no sincronice con la 1. La otra opción, es que importes los marcadores para la máquina 2 y desde ese punto uses cuentas de Google diferentes para que no sincronicen y no compartan mas la misma información.