yo tenia el mismo problema, y tambien no encontraba la linea que dice "magnet": true, asi que fui a la carpeta y la agregue y me funciono, esto tiene que ir en el espacio "protocol_handler..."
escribir o copiar la linea "magnet": false, bajo "javascipt" y listo, funcionara
revisar esta pag para orientarse y ver foto:
http://www.directorioguacamaya.com/tutorial-chrome-abre-magnet-links-solucion/