Sebastian:
Acerca de lo que describes, me parece raro que no te abra el archivo con Chrome si usas jQuery como librería de javascript, ya que esto es válido y funciona correctamente en los desarrollos locales. Sin embargo, y a modo de prueba, habilita la consola de elementos (Control + Shift + I) y recarga la página de tu archivo HTML para que veas si se produce o no el requerimiento al archivo HTML. ¿Te carga páginas cuando navegas por Internet?.
Lo segundo, los archivos JS son identificados por Windows como potencialmente peligrosos ya que se pueden ejecutar directamente en el sistema operativo (no recuerdo el nombre de la herramienta que lo permite), por lo cual Chrome imita dicho comportamiento y te avisa que podría ser peligroso.
Saludos
