Hola Pablo, bienvenido al foro de ayuda de Google Chrome
No existe una opción como tal para recuperar marcadores eliminados dentro de Chrome, pero te voy a dejar un enlace a otro hilo en el que se explica un proceso para intentar recuperarlos, es posible que el archivo bookmarks.bak se haya reescrito ya con los marcadores actuales pero pruébalo de todas formas.
Por otro lado te recomiendo que hagas una copia exportando tus marcadores y vigila si te vuelve a suceder, puede ser que tengas algo de malware o alguna extensión que los elimine, si es así vuelve a escribirnos.
