Hola Juan:
Según recuerdo, los certificados digitales deben ser firmados por autoridades autorizadas (como Verisign?) y a eso se le consideraría como "autoridad de confianza".
En el pasado lo que he recomendado es que actualicen los certificados raíz que son dependientes del sistema operativo, ya que Chrome se basa en esos registros, pero en este caso no tengo mucha conciencia en cómo proceder, ya que si indicas que lo has instalado a nivel de sistema operativo.
Otro error posible es que el certificado esté emitido con SHA-1, algoritmo que está deprecado para las versiones de Chrome 40+.
Saludos