Te dejo esta
referencia, si bien está orientado a Nexus te lo comparto porque detalla muy bien todos los posibles problemas que pueden estar pasando en tu dispositivo. Solo trata de averiguar cómo puedes hacerlo en tu dispositivo móvil.
A mí me ha pasado también (no precisamente con Google Authenticator), normalmente se me ha solucionado volviendo a instalar la aplicación o completando una actualización que no llegó a finalizar.