Si le ocurre en Windows y Ubuntu lo mas posible es que si sea una extencion ya que las extensiones se sincronizan con la cuenta y si son multiplataforma van a funcionar en los diferentes sistemas operativos en los que se tenga Chrome con la sesion abierta.
Pruebe usar un tiempo Chrome en modo incognito para ver si aparecen los popups, sino apararecen es porque si puede ser una extension, claro esta que no active las extenciones para que operen en modo incognito sino la prueba no serviria.
Sino fuera una extension, en Windows se podria explicar con que fuera alguna aplicacion corriendo en segundo plano y que fuera la que abriera ventanas de Chrome pero en Ubuntu seria muchisimo mas remota la posibilidad que fuera una aplicacion colada que estubiera abriendo las ventanas por lo que por eso digo que es mas posible que si sea una extension.
La otra seria que usted este usando alguna pagina en los 2 sistemas y que dicha pagina sea la que abra los popups(teniendo usted activa la opcion de permitirlo) pero si son paginas conocidas(Spotify y Calendar) no deberian mostrar anuncion pornograficos.
Que usted las instale manualmente no quiere decir que no sean extenciones malas, por ejemplo que usted tenga una extension de bajrse videos/VPNs gratuitas/Torrents o cosas similares y usted piensa que son buenas pero que dicha extension sea la que para ganar dinero muestre publicidad.
Saludos.
