¡Hola de nuevo!
Prueba a crear otro perfil nuevo en Chrome[1], no inicies sesión con tu cuenta de Google en ese perfil y prueba de iniciar sesión otra vez en algún sitio web desde ese perfil para ver si ahora te guarda las contraseñas. ¿Ahora te rellena también la contraseña?
Perdona tres preguntas: ¿Qué versión de Chrome tienes[2]? ¿Y qué sistema operativo (Windows 8, Windows 7, Windows XP, Mac OS X, Windows...)? ¿Y puedes darnos uno o dos ejemplos de páginas web donde te ocurre? Así podré tratar de reproducir tu problema.
Saludos :-)