Actualice a la versión 66 de Chrome, y ahora los PDF no abren automáticamente fuera de la página, toca dejarlos que se abran dentro del navegador.
Estos PDF son generados utilizando JasperReport, antes de la actualización funcionaban correctamente.
Se ha probado en la opcion de configuracion de contenido y solo funciona la opcion sin descarga de archivo, si se coloca para que descargue genera error.