Hola, en las instrucciones para crear un perfil nuevo también encontrarás las de rescatar tus favoritos. [1]
Por otro lado, si al desinstalar NO marcas la casilla "¿Quieres eliminar también los datos de navegación?" la nueva instalación respetará tu configuración anterior, aunque quizás es ella la que te está provocando los problemas y sí debas eliminarla... [2]
Para la próxima vez te recomiendo sincronizar Chrome con tu cuenta de Google y así siempre tendrás a salvo los marcadores. [3]
Ya nos cuentas.