Hola Pedro,
Lamento decirte que no existe desde los ajustes del mismo Chrome la posibilidad de poner contraseña a tus marcadores.
Respecto a las paginas de la nueva pestaña, no puedes poner las que quieras, lo determinan los algoritmos. (Siempre puedes eliminar las que no quieras).
De todas formas, existen extensiones creadas por terceros que pueden ofrecerte personalizar la nueva pestaña.
Pero personalmente no te recomiendo ninguna.
Saludos.