Hola Juan:
Debido a los permisos del sistema operativo, Chrome se abre con tu usuario el cual, a pesar de tener permisos de root, no puede delegar permisos directos a los archivos descargados en forma automática, sino que debes proceder manualmente con tus permisos para hacerlo. Esta medida de seguridad se basa en el sistema operativo y no en el navegador, ya que depende directamente con qué usuario estás descargando el archivo, por lo cual no da lo mismo si es con el usuario root o tu usuario, ya que afecta a los permisos de los archivos descargados.
Lamento no ser tan útil en mi respuesta, pero creo que no hay respuesta práctica que pueda entregarte.
Saludos
