Sospecho que pasó algo más. Te cuento cómo trabaja Chrome:
Algunas páginas web tienen enlaces o botones para iniciar una descarga. Otras inician las descarga por código. Finalmente, cuando navegás hacia una dirección que no contiene un tipo de archivo estándar de Internet, Chrome no abre el archivo sino que lo descarga.
En todos los casos el inicio de la descarga se muestra con una gran flecha que baja, y además verás el ícono del archivo descargando en la barra de descargas, que aparece al pie de Chrome. No hay descargas en "segundo plano".
ctrl+J abre la "pestaña de descargas" (chrome://downloads) donde se puede ver el estado de todas las descargas, excepto las que se iniciaron en modo incógnito, que sólo se pueden ver en su ventana. Cabe señalar que si cerrás el modo incógnito, se cancelan las descargas pendientes, con lo que en ningún momento tendrás descargas activas ocultas.
Normalmente, al iniciar una descarga, Chrome le pregunta al usuario en qué carpeta guardarla. Se puede configurar para que no pregunte y guarde en una carpeta de descargas predeterminada.
También normalmente, Chrome no hace nada al finalizar la descarga, pero se puede configurar para que abra el archivo cuando termine de descargar. También se puede configurar para que siempre abra al finalizar los archivos de un tipo determinado (como por ejemplo .ZIP, .RAR, .PDF), con una excepción: esto no se puede hacer con archivos ejecutables (por ejemplo .EXE).
Esto se está alargando, así que resumo hasta acá:
- Todas las descargas son visibles en la pantalla (no hay descargas ocultas)
- Los ejecutables sólo inician si el usuario hace clic en el ícono de descarga (no se puede configurar para que inicien siempre automáticamente)
Por lo tanto, lo que te pasó a vos tiene otras explicaciones. No fue Chrome quien realizó la segunda descarga. Una posibilidad es que hayas iniciado la instalación del primer software, y éste haya disparado automáticamente la descarga e instalación del segundo software. Podemos especular con otras posibilidades.
Aclaro: en Windows no hay archivos autoejecutables, que se ejecuten al descargar. Se llaman autoejecutables a los que inician al montar un DVD, por ejemplo.
Espero que esta información te sirva para descubrir qué pasó.