Hola creimer javier villazon toncel
Deberías revisar la configuración de CCleaner ya que este programa elimina lo que tu le indicas que elimine.
Fijate que en las opciones tienes 2 pestañas : Windows y Aplicaciones, en Aplicaciones veras la lista de cosas que le indicas que borre de Chrome. Revisa cuales tienes tildadas que puedan estar borrando la configuración.
Si tienes mas consultas sobre CCleaner por favor utiliza el foro de soporte o la ayuda que este programa brinde a sus usuarios:
CCleaner - FAQ
Saludos