Hola Matias
Los 279 bookmarks que ves en tu panel de control de Google pertenecen a "marcadores" (por ejemplo en Google Maps, Google Empresas, etc) pero no son tus "favoritos" que tienen en las carpetas de Chrome que muestras en las imágenes.
Si te han desaparecido los marcadores tras la última actualización antes que nada revisa que estés utilizando el perfil de Chrome correcto, el que usabas antes.
Saludos