Dependiendo del sistema operativo, tienes que encontrar el archivo "thumbnails" (tal cual, sin extensión) en la carpeta "user data/default" utilizada por Chrome. Esto suele ser bastante complicado, porque cuesta pillar el archivo en el árbol de carpetas.
Cierras cualquier instancia de Chrome y después borras el archivo, no te compliques, no es peligroso.
Cuando vuelvas a cargar el navegador, las miniaturas van a estar vacías, sin imagen. Haces click en cada una de ellas y vas al sitio web en cuestión. De ese modo se estarían actualizando las miniaturas.
Ojo que el archivo Thumbnails va guardando miniaturas de todos los sitios a los que accedes con frecuencia, aunque no aparezcan en la página de inicio, así que le haces un favor al disco duro con borrarlo de vez en cuando para "purgar" la basura que se junta. Pueden ser hasta cientos de megas en sistemas permisivos como Windows 7.