Yo tengo exactamente este MISMO problema bajo las mismas circunstancias (empezó a ocurrir tras un update de Windows).
Puedo asegurar que no tengo malware tras haber pasado Spybot SD y Malwarebytes varias veces.
En mi computador, Chrome al iniciar muestra las pestañas que tenia abiertas anteriormente al apagar mi PC.
No lo tengo como startup en CCleaner o Inicio en el administrador de tareas, ya se me están acabando las ideas.