Cordial saludo Fernanda.
Una forma de eliminar los favoritos de forma masiva es la siguiente.
Ingresas a Marcadores (Ctrl + Shift + O) o también copia y pega esto en la barra de direcciones chrome://bookmarks/
Luego seleccionas el primer marcador a eliminar y con la tecla Shift presionada seleccionas el ultimo marcador
con los marcadores seleccionados presionas en la parte superior derecha donde dice SUPRIMIR.
Y listo.
Espero y sea de ayuda.
Saludos!!