Hola y a ver si te puedo echar una mano. Respecto al tema de las ventanas en vez de pestañas, para arreglar eso, he buscado información y esta forma es la que me ha funcionado, imagino que sabrás hacerlo, si no es asi dimelo y te lo explico de otra manera mas simple
1.- Vete al menú de  opciones de Chrome (ALT+F)
2.-Buscas Configuración e ingresas 
3.-Buscas hasta abajo- dándole click donde dice Mostrar Opciones avanzadas 
4.-Donde dice [RED]- Ingresas donde dice [Cambiar la cofiguracion de Proxy] 
5.-Te abre las propiedades de internet 
6.-Te ubicas en la pestaña que dice General 
7.-Busca donde dice [Cambie la forma en que las paginas web se muestran en las pestañas] 
8.-Click en [configuración] 
9.-Ubica donde dice [abrir vínculos de otros programas en] 
10.-Y eliges [Una nueva pestaña en la ventana actual] 
11.-Aceptar-Nuevamente Aceptar y Listo. 
Lo demás que te pasa, mucho me temo que no tiene nada que ver con Chrome, suena a virus, o troyano, o algo así, te deseo suerte en lo demás. Un saludo.