Ok, si cambiaste el tema y al reiniciar no se cambió solo, significa que la configuración se guardó bien.
Si no tenés mensajes de error, entonces tu configuración no se corrompió.
Siguiendo por este camino, podría ser que tengas instalada una extensión que te pone Yahoo como buscador predeterminado.
Te pido dos cosas:
- Andá a chrome://extensions , y pegá acá la lista de extensiones instaladas
- Hacé una búsqueda desde el omnibox, y copiá acá la dirección web de la página de resultados