Supongo que eso que mencionas, debe ser una configuracion tuya, en tu propia PC. Porque en mi caso, ni utilizando Chrome, ni utilizando IE me estan pidiendo certificados y demas para cada pagina que visito. Navego sin interrupciones ni preguntas de seguridad.
Y si IE te pide una cosa, Chrome te pide otra, y así... como dije, tiene que ser alguna configuración tuya, quizás de seguridad.