Si falló algo, si la PC perdió un archivo de configuración de Chrome, si el hardware tiene problemas, Chrome se puede colgar y perder datos de configuración. Intentará recuperarlos automátimente, no hay nada que tengas que o puedas hacer.
Si usás perfiles, asegurate de no estar en otro perfil distinto al tuyo.
Te recomiendo crear perfiles y sincronizarlos, para salvaguardar tu configuración en Internet, justamente para sobrellevar estos casos.