La primera pregunta que tengo es ¿alguna vez
sincronizaste tu cuenta? Si fue así, sería cuestión que tu inicies sesión nuevamente y así parecer la configuración de Chrome. El detalle está en que borraste el usuario y si es así como comentas, el archivo bookmarks.bak o lo encuentras, me temo que no hay manera de recuperar los marcadores. Yo no conozco otra forma.