Hola, creo que Google Bookmarks fue un primer intento de Google para tener los marcadores en la red, pero no funcionó muy bien, no tuvo aceptación masiva.
Por lo que veo ese producto va cayendo en el olvido, no hay novedades, mejoras ni nada. Yo personalmente lo abandoné cuando surgió la posibilidad de sincronizar los marcadores de Chrome. Interpreto que Google encontró la aceptación que pretendía en este servicio, que de alguna manera reemplaza a Google Bookmarks.
No creo que lo unifiquen, creo que Bookmarks será dado de baja en unos años. En algún momento se podían tener los marcadores en Google Docs. Pero el tipo de documento "marcador" desapareció hace rato. Yo le veo futuro a las extensiones de Chrome para manejar marcadores.