Tengo el mismo problema que Tomás. Algo hicieron en las últimas actualizaciones que ocultó la función de "Abrir como ventana". La opción que ofrece AJimenezd no me funcionó. Luego de buscar un rato, encontré la solución real dentro del mismo Chrome:
1. Crea tu acceso directo como siempre lo has hecho: ingresa al menú de los 3 puntitos, luego "Más herramientas" y allí "Crear acceso directo".
2. Luego, abre otra pestaña de Chrome y pon en la barra de direcciones: chrome://apps
3. Vas a ver una lista de todas las aplicaciones y accesos directos. Navega con las flechitas hasta que llegues al acceso directo. Haz click derecho y selecciona la opción "Abrir como ventana". Ahora cuando ejecutes el acceso directo (por ejemplo, si lo dejaste en el escritorio) va a abrir en modo aplicación de Chrome.
Espero que te ayude.
Saludos!