Muy buenas.
Va a ser un poco complicado averiguar exactamente lo que ha pasado.
Asi que si te parece bien, te voy a adjuntar dos enlaces, el primero para que aprendas como funcionan los marcadores y como guardarlos correctamente, y el segundo para que puedas recuperar marcadores perdidos, por si se diese el caso. No se si con ese sistema podrás recuperar o mejor dicho actualizar los marcadores a como realmente los querias.
Recuerda también que puedes almacenar tus marcadores en la barra de marcadores (Ctrl+Shift+B) arrastrándolos a la misma.
¡Saludos! =)