Buenas!
Al final conseguimos solucionarlo os dejo aquí lo que hicimos por si alguien lo necesita:
Como desactivar actualizaciones de Google Chrome para un DOMINIO:
En primer lugar habrá que descargar el template para las actualizaciones de Google aquí:
http://dl.google.com/update2/enterprise/GoogleUpdate.admDespues en la Administracion de directivas de grupo crearemos un nuevo GPO donde queramos aplicar la directiva y la editamos. Agregaremos la plantilla que hemos descargado previamente en el editor del registro.
Una vez agregada correctamente deberia aparecer un nuevo apartado llamado Plantillas Administrativas Clasicas ADM con "Google Update" dentro de éste,
En Google Update > Preferences > Auto-Update Check period overrid estableceremos los siguientes parametros (Habilitado y check en Disable).
En Google Update > Applications > Google Chrome establecemos "Habilitada" para Allow Installation.
Y para Update Policy Override: Habilitada + Policy Updates Disable.
Y en el apartado Google Update > Applications > Google Chrome Binaries el mismo proceso.
Reiniciamos las directivas con gpupdate /force
El siguiente paso es desactivar también las actualizaciones en el editor del registro, que se encuentran en HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Policies\Google\Update
Para ello se ha hecho el siguiente script guardado en la carpeta C: del servidor con la extension .bat :
REG ADD HKLM\SOFTWARE\Policies\Google\Update /v AutoUpdateCheckPeriodMinutes /d 0 /t REG_DWORD /f
REG ADD HKLM\SOFTWARE\Policies\Google\Update /v DisableAutoUpdateChecksCheckboxValue /d 1 /t REG_DWORD /f
REG ADD HKLM\SOFTWARE\Policies\Google\Update /v Update{4DC8B4CA-1BDA-483E-B5FA-D3C12E15B62D} /d 0 /t REG_DWORD /f
REG ADD HKLM\SOFTWARE\Policies\Google\Update /v Update{8A69D345-D564-463C-AFF1-A69D9E530F96} /d 0 /t REG_DWORD /f
REG ADD HKLM\SOFTWARE\Policies\Google\Update /v UpdateDefault /d 0 /t REG_DWORD /f
REG ADD HKLM\SOFTWARE\Policies\Google\Update /v Install{4DC8B4CA-1BDA-483E-B5FA-D3C12E15B62D} /d 1 /t REG_DWORD /f
REG ADD HKLM\SOFTWARE\Policies\Google\Update /v Install{8A69D345-D564-463C-AFF1-A69D9E530F96} /d 1 /t REG_DWORD /f
Para evitar que aparezca un error de "Permiso denegado" al ejecutar el script se hara un acceso directo y se accedera a sus propiedades > opciones avanzadas > Ejecutar como administrador. Volvemos a editar la GPO que hemos creado anteriormente y agregaremos el acceso directo al script para el inicio (es decir, al encender el equipo no al apagar).
Un saludo y muchas gracias tanto Marco PG como Juan Jose por vuestro tiempo.