Las opciones de Internet están en el Panel de Control de Windows.
No obstante, igual que otros exploradores, podés acceder a ellas desde las opciones de Chrome:
En esta pantalla de opciones, en Red, tenés "Cambiar configuración del proxy...", que te lleva a las opciones de Internet.
Para ir directamente a la ventana de certificados, tenés otro botón en Seguridad: "Administrar certificados..."
