Mi recomendación es que al DESCARGAR un archivo, que aparezca un mensaje avisando que EXISTE OTRO ARCHIVO con el mismo nombre y PREGUNTE si se desea decargar de todas formas ó reemplazarlo; con el mismo nombre y un número por ser otra copia (esto es lo único que ocurre) ó con otro nombre nuevo.
He descargado como 7 veces el mismo archivo y nunca me ha avisado (son archivos de la facultad en la que estudio que los utilizo cada uno o dos años, como el plan de estudios, materias que se dan por año, etc., nunca sé si los he descargado dado que aparecen modificatorias de vez en cuando).
Saludos!