A mi personalmente me gusta mas la opcion de agregar mis marcadores a google bookmarks, desde internet explorer o firefox es muy agradable la barra de google, desde google chrome con su bookmarklet se pueden agregar, aunque le falta una extencion que haga lo mismo que la barra.
Lo malo de esto es que google no puede sincronizar los bookmarks con google bookmarks (ironico) asi que decidio que los bookmarks se guardran en google docs (lo que llegara a ser google drive como el skydrive de microsoft) asi que las nuevas versiones de google chrome ya ofrecen sincronizacion , pero aun en beta porque e leido que muchos usuarios tiene muchos problemas para organizar, agregar o eliminar sus favoritos en google docs.
Asi como tu dices ahorita mientras google sigue arreglando ese pequeño asunto de los bookmarks, muchos tendremos que seguir teninedolos en la pc.
Ojala se les ocurra poner algo para que nos avice se los bookmarks duplicados y/o poder eliminar los duplicados.