Yo tenía el mismo problema, lo que hice fue bajarme un programa
http://www.labnol.org/software/tutorials/keep-window-always-on-top/5213/ luego de instalarlo, solo seleccionas la ventana que quieres que ya no este siempre arriba o siempre visible y presionas Ctrl+Space y lissto se soluciona este problema.
No creo que sea el camino correcto utilizar otro programa para hacer esto, pero al ver que no hay solucion para esto; que mas nos queda, ademas es molestoso tener esa ventana siempre, aveces queremos tener algo sobre esta y nos molesta el no poder ver lo que queremos.
Esta es la dirección del programa para bajarlo
http://dl.dropbox.com/u/149566/Downloads/always-on-top.zip se llama Dropbox, también te servirá por si quieres dejar algún programa siempre visible o siempre arriba, por ejemplo alguna calculadora o visualizar algún vídeo mientras navegas. ;) lo bueno de este problema es que siempre sale algo útil ;)