En la version 2 no se puede fijar las paginas mas visitadas para que no se acomoden automaticamente. Lo unico que podes hacer es borrar las que no quieras que se vean. Tambien podes elegir ver una pagina en blanco en lugar de la pagina "Nueva Pestaña", o poner una o varias paginas de inicio para que se abran cuando ejecutes el navegador.
En la próxima versión 3, a las paginas mas visitadas, las vas a poder marcar para que no se muevan del lugar, o incluso las vas a poder mover a tu gusto.