Hola fpardo,
Muchas gracias por la ayuda, con ese sitio me di cuenta que no era problema de popups. Más bien el problema era un javascript.
El javascript actual tenia:
<script language="JavaScript">
function load() {
window.print();
window.close();
}
</script>
Con otros navegadores, incluso con una versión antes del 41, había una pausa para imprimir y luego cerraba la ventana. Ahora con la versión 41, lo cierra inmediatamente. Es simplemente como interpreta el Chrome el javascript.
La solución:
Puse un timeout
window.setTimeout("self.close()", 15000);
Muchas gracias por todo.