Al buscar un poco mas, logré conocer acerca de xdg-open
dejo la wiki de Arch (en Ingles) de xdg-open:
https://wiki.archlinux.org/index.php/Xdg-open Aclaro que No se si funcionará igual para distribuciones diferentes de Arch (o basados en Arch como Manjaro).
Ya teniendo instalado el xdg-open, el comando que ejecuté en terminal para solucionarlo (como usuario normal y NO como root) es:
xdg-mime default Thunar.desktop inode/directory
El problema pasaba también con otros navegadores no solo en Chrome/Chromium (instalé el Chrome desde AUR y pasaba lo mismo). En fin, espero que a alguien le sirva.