Hola,
Los marcadores están sincronizados con tu cuenta de Google, no la de Google Drive.
En tu caso, te recomiendo que tengas varios usuarios en el navegador.
De esta forma, se mantendrán separados.
De todas formas, si quieres tener mas privacidad, crea más usuarios en el sistema operativo.
De esta forma, necesitará una contraseña para iniciar sesión en tu cuenta y poder ver tus marcadores.
Un Saludo.