Hola Fernando,
Puedes elegir que elementos de Google Chrome quieres sincronizar.
Por el momento no es posible decidir que carpetas concretas, pero puedes desactivar la sincronización de los marcadores.
Es posible hacerlo desde tu móvil o desde un ordenador:
- Abre el menú de Chrome. (En el teléfono, podría ser un icono o un botón. Puede ser así
o así 
.) - Toca Ajustes.
- Toca el nombre de tu cuenta en la parte superior de la pantalla.
- Vuelve a tocar la cuenta en la que hayas iniciado sesión.
- Utiliza el control deslizante de color azul de la parte superior de la pantalla para activar la sincronización.
- Desactiva la casilla de verificación Sincronizar todo y no selecciones la opción de marcadores.
De esta forma, podrás eliminar las carpetas de marcadores de tu teléfono y no las quitará de tu ordenador.
Un Saludo.
