Estimado,
Chrome guarda los marcadores en el archivo Bookmarks (sin extensión) en la siguiente carpeta:
C:\Documents and Settings\usuario\Local Settings\Application Data\Google\Chrome\User Data\Default
Es un archivo de texto en formato JSON, bastante amigable. Si ese archivo está vacío, buscá algún back-up automático en Bookmarks.bak y copialo con el mismo nombre de archivo pero sin extensión.