Me temo que si los has borrado están perdidos, de todos modos echa un vistazo a la siguiente información.
Explicación escrita por Trantor1 sobre cómo recuperar marcadores y favoritos:
Chrome guarda los marcadores en esta carpeta:
C:Documents and SettingsusuarioLocal SettingsApplication DataGoogleChromeUser DataDefault
Los archivos que te interesan son:
Bookmarks.bak (back-up) y Bookmarks (marcadores).
Saludos.