¿Cuantos marcadores tienes? ¿Miles? Lo pregunto por si estás descubriendo un bug que se manifiesta en esos casos...
Si borras todos los datos del servidor, creas un perfil y a continuación sincronizas, te quedas con un Chrome en blanco.
¿Cómo se comporta en esa situación con carpetas nuevas? ¿Las recuerda o sigue igual? Por si el problema lo está provocando tu sincronización y no tu instalación o bases de datos del perfil.
Por cierto, haz una exportación a disco por si acaso.