Hola charly g,
Si tienes la versión 42 de Chrome la flag de NPAPI te aparecerá la primera y podrás hacer clic en Habilitar directamente.
Por el contrario, si todavía no has recibido la última actualización te saldrá toda la lista, como tu dices, pero en este caso no deberías tener problema con Java; o como mínimo tu problema es algo distinto. Si este es tu caso, abre un nuevo hilo por favor para no confundir a otros usuarios que visitan el foro.
Por cierto, para ver tu versión de Chrome, accede a chrome://version.
¡Saludos!
Carles PG